почему именно хрен стал синонимом негативного, а не другой корнеплод или овощ

Answer 1

Потому что он ядренный
Вы когда-нибудь пробовали свежевыкопанный корень хрена прокрутить через мясорубку. Попробуйте, только не забудте противогаз одеть

Answer 2

Да даже слово то какое ХРЕЕН! всё четко ясно и понятно сразу! как и корнеплод дерзкий, и ужасно ядерный.