Что это может быть?

Answer 1

Причина первая: нижние листья прикасаются к земле. И из-за этого портятся.

Причина вторая: рассаде тесно в этих горшочках. Сколько штук у вас там понасеяно судя по последнему фото "в общей банке"?

Что делать: отрезать эти листочки и не выдумывать себе лишнего.